من الدعوة الإسماعيلية الفاطمية خرجت العديد من الجماعات والفرق التي كان لبعضها الضرر الشديد على دين الإسلام والدولة الإسلامية، كجماعة النزارية (السفاكين أو الفداوية أو الحشاشية الذين كانوا مسئولين عن سلسلة كبيرة من اغتيالات رؤساء وعلماء وقادة الدولة السنية، ولم يسلم منهم كثير من ملوك الدولة الفاطمية أنفسهم. وكجماعة الدروز، وجماعة الطيبين والمستعليين في الهند واليمن والمشهورين بالبهرة. فبعد القضاء على الدولة الفاطمية بمصر استمر فرع آخر لهم في اليمن وهم الإسماعيلية المستعلية الذين اعترفوا بإمامة المستعلي بن المستنصر. وذلك على يد الصليحيين الذين رأوا رأيا في الإمامة بعد اغتيال الأمر بأحكام الله يخالفون به رأي المصريين، واتخذوا لأنفسهم إمامًا غير الذي اتخذه المصريون، فكونوا بذلك فرقة إسماعيلية مستعلية جديدة، ولا تزال هذه الفرقة المستعلية الجديدة قائمة إلى اليوم باسم الإسماعيلية الطيبية، وباسم الإسماعيلية البهرة. إذ زعم هؤلاء أن الأمر بأحكام الله قد خلف ولدًا في بطن أمه، وقد وضعت هذا الولد وأسمته الطيب بن الأمر، فخاف عليه أحد الدعاة فأخفاه عن الحافظ وأرسله في مقطف إلى الملكة الحرة أروى الصليحية باليمن، وهذه الملكة أخفته وجعلت نفسها كفيلة عليه ونائبة عنه في تولي شئون الدعوة الإسماعيلية، واتخذت لنفسها لقب كفيلة الإمام المستور الطيب بن الأمر). وقد انقرضت الدولة الصليحية في سنة 511 ه/1117 م ولم يقم أتباع الدعوة الطيبية بأي نشاط سياسي بعد ذلك، بل ركنوا إلى التجارة وعاشوا في محيط خاص بهم. وقد هيأت التجارة التقليدية بين اليمن والهند فرصة لنشر الدعوة الإسماعيلية الطيبية في الهند، ولا سيما في ولاية جوجرات جنوب بومباي، وأقبل جماعة من الهندوس على اعتناق هذه الدعوة حتى كثر عددهم هناك، وعرفت الدعوة بينهم باسم البهرة، وكلمة البهرة كلمة هندية قديمة معناها: التاجر.